Nació el 29 de diciembre de 1923 en la región senegalesa de Diourbel. En 1946 se trasladó a París para cursar estudios superiores de Matemáticas, con la idea de estudiar para ingeníero aeronáutico. Al mísmo tiempo, se matriculó en la Facultad de Filosofía y Letras de la Sorbona y participó en la creación de la Asociación de Estudiantes Africanos en París.
En 1947 inició sus investigaciones lingüisticas sobre wolof y sérère. Al concluir sus estudios de Filosofia comenzó a estudiar Física bajo la dirección de Fréderic Joliot-Curie, yerno de Marie Curie, llegó a traducir parte de la teoría de la Relatividad de Einstein a su idioma nativo, el wolof.
La Universidad de París rechazó en 1951 su tesis doctoral sobre la idea de que el antiguo Egipto había sido una cultura negra. Diop no se dío por vencido, y durante los siguientes nueve años añadió pruebas más precisas a su trabajo. En 1955, la tesís había sido publicada en la prensa popular como un libro titulado Nations Nègres et culture. Esta obra le convertiría en el historiador más controvertido de su tiempo.
En 1960, tuvo éxido en la defensa de su tesís y obtuvó el doctorado. Durante ese año publicó, además Les fondements économiques et culturels d'un Etat fédéral d'Afrique Noire.
Diop retornó a Senegal donde continuó escribiendo e investigando. La Universidad de Dakar estableció un laboratorio de radiocarbón para ayudar en su investigación. El historiador usó esa técnica para determinar el contenido de melanina de las momias egipcias. Investigadores forenses adaptaron más tarde su técnica para determinar la "identidad racial" de victimas gravemente dañadas por abrasión.
En esta época comenzó su actividad política participando en la creación del partido de oposición, el Bloc des Masses Sénégalaises (BMS). En julio de 1962 fue encarcelado y en agosto puesto en libertad sin cargos. Al año siguiente, el BMS fue declarado ilegal y fue disuelto, pero creó un nuevo partido, que igualmente, fue disuelto por el gobierno del presidente Léopold Sédar Senghor, en 1964.
Durante la celebración del primer Festival de las Artes Negras en 1966, recibió el Premio al escritor que más influencia ha ejercido sobre el pensamiento africano del siglo XX.
En 1974, participó en un simposio de la Unesco en El Cairo, donde presentó sus teorías a otros especialistas en egiptología. Asimismo, escribió el capítulo acerca de los orígenes de los egipcios en la Historia General de África en la Unesco.
En 1976, creó un nuevo partido, Rassemblement National Démocratique, que poco después fue declarado ilegal. Senghor dejó el poder en diciembre de 1980 y su secesor, Abdou Diouf, suprimió las leyes que prohibían la formación de partidos políticos, de esta manera, quedaron derogadas las causas judiciales que se sequían contra Cheikh Anta Diop y el RND fue reconocido legalmente. Sin embargo, tras las elecciones, Anta Diop se negó a hacerse cargo del escaño obtenido para la Asamblea Nacional como protesta por las que consideró que habían sido unas elecciones fraudulentas.
Murió el 7 de febrero de 1986, fue enterrado en su aldea natal, Caytou, junto a su abuelo y fundador del pueblo, Massamba Sassoum Diop, el viejo.
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